农村商业银行作为乡村振兴战略的金融支持力量，在乡镇经济发展和稳定金融供给方面发挥“稳金融”的积极作用。在新时代的背景下，农业商业银行发展面临巨大的挑战。因此，加强农村商业银行内部控制显得尤为重要，建立科学严密的内控机制，正确处理好防控与发展的关系，是确保农信社安全有效运行的关键。但在实际工作中农商行内部控制建设上仍存在一些问题。
思想认识不到位。银行的内部控制一直都不被人们重视，直到很多问题频发后，大家才逐渐意识到银行内部控制的重要性，农商行由于自身制度以及薪资规则，大多重视业绩，而忽视了内部控制的作用，同时其内部控制存在雷声大、雨点小的问题，上级与下级之间的沟通和认知程度不对称，很难真正做到整体一致的协调。
执行力不够强。虽然农商行一些内控制度文件制定了，也下发了，但是却少有人员执行。一方面基层网点的存贷业务以及其他业务在办理过程中不太容易，繁重的工作让银行工作人员没有时间和精力去执行内部管理制度。另一方面由于内部控制具有滞后性，短时间并不能看出有什么具体的影响，加上没有实行奖惩机制，执行力自然打折扣。
内控制度不全面。由于农商行对于其自身内部控制的认识不够全面，造成的结果是制定的内部控制制度不完善，对于实际工作的指导性很弱，农商行具体的实际业务并没有一些详细的规范和指导。
因此，加强农商行内部控制建设，是农商行实现可持续发展的前提和基础，也是当前新形势下亟需解决的当务之急。
制度要完善。要始终把制度建设作为一项基础工作来抓，始终坚持“业务开展，制度先行”的理念，自上而下的发出号召，让员工多跟领导说问题，敢于跟领导提意见，提的不好不批评，反映真实有效的要奖励，将制度的建立、梳理、修订作为一项常态化的工作来抓。一是对新开办的业务或是创新业务，必须建立规范此项业务的规章制度，做到业务发展有章可依；二是对原有的但在执行中有漏洞或已不适应业务发展的制度，及时进行修改完善，使之与业务发展相匹配；三是将各项制度整编成册及时发放到员工手中，为业务发展提供制度保障。
关键在落实。在现代管理中，有人称成功30%在于战略，70%在于执行，如果没有执行那么就是纸上谈兵。即喊破嗓子，不如干出样子。一是要加强学习，积极开展各类教育培训活动，使全员对各项法律法规、规章制度有充分的认识，深刻的理解引导员工增强法制意识、规则意识，由“要我执行制度”转变为“我要执行制度”。二是从监督检查入手，狠抓制度执行力建设，充分发挥稽核审计的作用，实行突击检查、非现场检查等多种方式，加大对重要岗位、重要环节、敏感部位的检查力度、频率，防范操作风险。三是建立问责机制，责任追究到位，做到发案必查、有案必报、查必问责、有责必究。做到经济处罚、组织处理和政纪处分同步，维护规章制度的严肃性，保障业务快速健康发展。
执行要公正。一是要从高层做起，各级管理者要切实加强自身道德修养，不断提高职业素养，带头遵守法律法规和行为准则，做好表率，身体力行，不搞特殊化。二是坚持言传与身教相结合，变“我讲你听”居高临下式的单向灌输为双向互动、平等交流，及时发现并有效处置问题，使各项管理措施达到“件件有落实，桩桩有回声”。三是强化奖惩机制建设，研究制定专项奖惩机制，并严格落实。严肃奖惩，对平时业务工作中兢兢业业，严格按照各项操作规程办理的，大张旗鼓给予表彰奖励；对监督检查中发现的违规单位和个人，要严格按照规章制度落实惩处。
