从我国网上银行诉讼案件的现状及网上银行的网络特性分析，此类纠纷产生的主要原因来自操作上的漏洞、外界欺诈、技术的系统性风险及原因无法查明等四个方面，并且这些因素又经常纠结在一起发挥作用。
（一）因操作风险而引起的法律纠纷
1、银行内部操作漏洞：主要体现在以下方面：（1）银行工作人员超越授权、违规操作、操作失误或不规范的营销行为而形成潜在的法律风险；例如，某银行员工为完成个人网上银行高级版的签约任务，通过获取客户身份证，在客户并未在场也无授权的情况下，银行员工自己开户——设置密码——个人网银签约——领用USBKEY——网上银行激活并下载证书整个过程，并代替客户在所有的签约认证凭证上签名；（2）网上银行业务流程缺失，设计不合理而导致的风险。例如，网上银行专业版拥有网上银行全部功能，而普通版只有网上查询、网上缴费、网上支付功能，由于专业版与普通版对用户申请开户的条件要求不同，如果流程设计上允许普通版进行资金转帐，这虽给普通版用户带来了便利，但同时也增加了普通版用户的风险；（3）银行工作人员利用职务之便，与不法分子勾结、串通作案；（4）银行员工对客户开户申请资料审查不严。犯罪分子冒用他人身份开立网上银行帐户，通过窃取目标客户的帐户、密码等信息资料，利用网上银行平台转帐窃取他人银行存款，在赃款追回未果的情况下而引起的受害用户与银行之间的民事法律纠纷。上述两个案例就属于这种情况。
2、用户方面的操作漏洞，主要源于用户操作风险意识淡簿： （1）用户在操作网上银行时因疏忽而导致重要信息的泄露。诸如密码设置过于简单、对密码保管不严、经常在网吧进行网上操作等，尤其是对网银登陆密码的重要性缺乏了解，而随意将网银登陆密码告知他人；（2）用户在网上交易中没有遵守相关的权利义务，对银行提供的宣传信息及法律性文书疏于关注；（3）用户将网上银行业务交由代理人操作而带来的潜在风险；（4）用户因欠缺网络风险防范意识而导致的风险。例如，通过电子邮件方式传送重要数据，使用身份证件、电话手机号码等不合格用户名和密码等。
（二）因外界欺诈而引起的法律纠纷
因受到外界欺诈致使用户受到资金损失，在资金下落不明的情况下，导致银行与其用户之间酿成法律纠纷。如果说银行与其用户之间的操作风险是导致网上银行法律纠纷的内部因素，那么，欺诈则是致使用户遭受资金损失外部原因。
欺诈主要存在以下类型：
1、短信诈骗类 。利用短信散发虚假信息诱骗客户上当。如冒充银行工作人员发送代办贷款的信息，或发送可以贱卖高档二手车或走私车并能提供信用贷款信息等称能够办理大额抵押贷款等诱惑，诱骗用户将其本人身份证信息告诉不法分子。不法分子利用制作的假身份证假冒用户到银行开卡并签约网银，再诱骗用户到其他网点去追加网银账户，一旦用户追加账户成功后，犯罪分子迅速将用户资金转走。
2、虚假广告类。在报刊或在墙体张贴虚假优惠信用贷款广告。如2008年2月1日长沙某晚报第16版就刊登了1则优惠贷款小广告诈骗信息。虚假广告诈骗目的在于骗取用户网银登陆密码，下载用户网银交易证书并设置交易密码、骗取用户身份证号并追加网银账户等。
3、网上支付类。通过不断的拨打95533或登录网上银行试密码，获取用户账户信息，然后通过电话银行话费冲值功能或腾讯、上海汇付等商户的网上支付连续窃取用户资金，作案手法并不复杂，但是作案频繁，时间也非常长，而被盗用户未及时察觉。
（三）因技术风险导致资金损失而引起的法律纠纷
1、最大的系统性风险就是网上银行信息技术选择失误的风险；在各种不同的网上业务解决方案层出不穷的今天，错误的选择不利于系统与网络的有效充分对接，使客户在使用网上银行提供的金融服务时遭受资金风险。
2、网上银行的安全系统是网上银行业务中的最薄弱环节，是网上黑客和计算机病毒攻击的重点，黑客通过互联网侵入银行电脑系统或银行专用网络，删除或修改网络银行的服务程序，窃取银行及客户资料，甚至通过电子指令修改主服务器及数据库的操作程序，或直接进行非法的电子资金转帐。
3、网站本身的缺陷。例如将登录对话框放在不安全网页上，将联系信息和安全警示信息放在不安全网页上，允许信任链存在缺口等。
实践中，操作风险、欺诈与技术的系统风险往往交替一起，最终酿成复杂的法律纠纷。
（四）资金损失原因无法查明而引起的法律纠纷
实践中，许多情况下无法判断是何种诱因导致储户网上银行资金损失，在经过当事人双方及司法机关采取各种手段进行调查仍无法查明原因，双方当事人又都无相应证据证明对方过错的情况下，最终也会引发银行与储户之间的法律纠纷，通过司法审判，来确定双方之间的损失责任。
